VRMLで特筆すべき点は、VRMLのソース・ファイルを直接編集できることである。その結果、そこで編集された内容は、Webブラウザ上のオブジェクト表示にただちに反映されるのである。
それでは、Java 3Dでは編集する事がきないかというと、その辺はまだ未解決である(研究員、高橋雅也として)。
VRMLとJava3Dは、しばしば「互いに競合するテクノロジーである」と誤解される。しかし、VRMLは3D空間と3Dオブジェクトを表記するための単なるフォーマットに過ぎない。かたやJava 3Dは,特定のファイルフォーマットを持たない3Dグラフィックス.プログラミングのためのAPIである。
JavaとVRMLとを連携させるためのインターフェースとして、VRMLのスクリプト・ノードでJavaを使用し、アニメーション制御などを行うための「JSI(Java Script Interface)」や、JavaアプレットからVRMLの3D空間を操作したり、その逆にVRML空間のデータをJavaアプレットで利用したりするための「EAI(External Authoring Interface)」などがある。